目録
儒家類
《新書》十卷，（漢）賈誼撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清乾隆間鈔本，清盧文弨手校本影印。
《申鑒》五卷，（漢）荀悅撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆二十年何允中刊《廣漢魏叢書》本，清陳鱣手校本影印。
《徐幹中論》二卷，（漢）徐幹撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明弘治十五年黃紋刊本影印。
《孔子集語》二卷，（宋）薛據撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明范欽刊本影印。
《大明仁孝皇后內訓》不分卷，（明）仁孝皇后撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《困知記》二卷續二卷三續一卷附錄一卷續補一卷，（明）羅欽順撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明嘉靖間刊增修本影印。
《願學編》二卷，（明）胡纘宗撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明嘉靖三十四年梁高刊本影印。
《思菴野錄》三卷附《賓興䌽旗聯》一卷，（明）薛敬之撰，附（明）薛楹撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清咸豐間武鴻模刊本影印。
《盱壇直詮》二卷，（明）曹胤儒編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆三十七年程開祜刊本影印。
《鑑諟齋集選》不分卷，佚名撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明石厓鈔本，清林佶等手跋本影印。
《就正錄》一卷《東林書院會語》一卷，（明）高攀龍撰，會語（明）周彥文等輯。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清乾隆七年華希閔劍光閣刊《高子全書》本影印。
《經世石畫》三卷，（明）辛全輯。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明崇禎二年刊本影印。
兵家類
《講武要略》十七卷首一卷附一卷，（明）戚繼光撰，（明）徐九章刪訂。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆四十八年張五典等刊本影印。
《武經直解》十二卷，（明）劉寅輯，（明）張居正增訂。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明崇禎十年翁鴻業刊本影印。
《唐太宗李衛公問對直解》三卷，（明）劉寅解。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本，清丁丙手書題記本影印。
《李衛公問對》三卷《尉繚子》二卷，（清）許鋐校注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清咸豐十一年稿本影印。
《黃石公三略》不分卷，題（漢）黃石公撰，（清）許鋐校注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏許氏稿本影印。
《長短經》不分卷，（唐）趙蕤撰，（清）許鋐校注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏許氏稿本影印。
農家類
《農書》三十六卷，（元）王禎撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明嘉靖九年山東布政司刊本影印。
《泰西水法》六卷，（義大利）熊三拔撰，（明）徐光啟記。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊《天學初函》本影印。
醫家類
《大德重校聖濟總錄》二百卷，宋徽宗撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏日本鈔本，近人鄧邦述手書題記本影印。
《素問入式運氣論奧》三卷，（宋）劉溫舒撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《黃帝內經素問遺篇》一卷，（宋）劉溫舒撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《類證註釋錢氏小兒方訣》十卷，（宋）錢乙撰，（宋）閻孝忠編，（明）熊宗立注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《診家樞要》一卷，（元）滑壽撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明天順七年宋宗魯刊本影印。
《難經本義》二卷，（元）滑壽撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明成化十五年吳誠刊本影印。
《活人心》二卷，（明）朱權編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《醫經小學》六卷，（明）劉純撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《醫說續編》十八卷，（明）周恭輯。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明隆慶三年曹灼刊本影印。
《纂圖方論脈訣集成》四卷，（晉）王叔和撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏元至正九年廬陵竹坪書堂刊本影印。
《醫林類證集要》十卷，（明）王璽輯。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏朝鮮銅活本影印。
《新刊銅人針灸經》七卷，佚名撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明平陽府刊本影印。
《玉機微義》五十卷，（明）徐用誠撰，（明）劉純續增。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明正統四年陳有戒刊本影印。
《丹溪先生金匱鈎玄良方，三卷，（元）朱震亨撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明弘治十六年安正堂刊本，近人夏孫桐手書題記本影印。
《活幼便覽，不分卷，（明）劉錫撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本，近人夏孫桐手跋本影印。
《新編證類圖註本草》四十二卷上五卷，（宋）唐慎微撰，（宋）寇宗奭衍義。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏元刊本，近人鄧邦述手書題記本影印。
《素問病機氣宜保命集》三卷，（金）劉完素撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明宣德六年朱權刊本影印。
《難經校訂識略》一卷，（清）姚凱元撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏稿本影印。
《黃帝內經素問校議》存四卷，（清）姚凱元撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏稿本（存卷三至六）影印。
《金匱要略繹註》三卷，題（清）延陵居士注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清雍正間鈔本，近人鄧邦述手書題記本影印。
曆算類
《月離曆指》四卷，（義大利）羅雅谷撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明崇禎間刊《崇禎曆書》本影印。
藝術類
《書學會編》六卷，（明）黃瑜編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明天順六年自刊增修本，清乾隆二十二年沈彤手跋，近人鄧邦述手書題記本影印。
《皇宋書錄》三卷，（宋）董史撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清乾隆間鈔本，清蔣洲題記，清梁同書、黃丕烈手跋本影印。
《書苑菁華》二十卷，（宋）陳思撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明范大澈臥雲山房鈔本影印。
《寶章待訪錄》不分卷，（宋）米芾撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏舊鈔本影印。
《徐籀莊手寫清儀閣古印考釋》一卷，（清）徐同柏撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏民國六年印本影印。
《帖目稿》不分卷，（清）楊守敬、（清）黃家駒輯，（清）黃崿校定。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清光緒間稿本影印。
雜家類
《子華子》二卷，題（周）程本撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆三十年馮夢禎緜眇閣刊《先秦諸子合編》本影印。
《風俗通義》四卷，（漢）應劭撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆間吳琯刊《古今逸史》本影印。
《初白菴讀呂子筆記補訂》三卷，（清）查慎行撰，（清）吳昂駒補訂。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清道光間吳氏稿本影印。
《李涪刊誤》二卷，（唐）李涪撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏宋刊《百川學海》本，清咸豐五年胡珽手跋，近人鄧邦述手書題記本影印。
《日損齋筆記》一卷，（元）黃溍撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明鈔本影印。
《梅瑞軒求是偶鈔》一卷《蠡說漫錄》一卷，（清）茆泮林撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清道光間稿本，（清）劉文淇批校本影印。
《石林避暑錄》四卷，（宋）葉夢得撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明萬曆間項德棻宛委堂刊本影印。
《湛淵靜語》二卷，（元）白珽撰，（元）周暕編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏知好樂齋鈔本影印。
《霏雪錄》不分卷，（明）鎦績撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明成化二十年胡謐刊明弘治元年重訂本影印。
《困學齋雜錄》不分卷，（元）鮮于樞撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏鈔本影印。
《南園漫錄》十卷，（明）張志淳撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明純白齋鈔本影印。
《里中紀述》不分卷，（清）沈徵佺編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清雍正間鈔本影印。
《古源山人二論》八卷，（明）李呈祥撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明嘉靖間刊本影印。
《大雅堂訂正精騎錄》一卷，（明）李贄撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊《大雅堂訂正枕中十書》本影印。
《暇老齋雜記》存四卷，（明）茅元儀撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明崇禎間刊本（存卷一至四）影印。
《汪梅村筆記》不分卷，（清）汪士鐸撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏稿本影印。
譜錄類
《西清硯譜》不分卷，（清）于敏中等編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清內府寫繪本影印。
類書類
《碎金》一卷，佚名撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《異物彙苑》五卷，（明）王世貞編。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
小說家類
《夢粱錄》二十卷，（宋）吳自牧撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清鈔本，清翁同書手書題記本影印。
《穆天子傳註補正》六卷，（晉）郭璞注，（清）陳逢衡補正。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏清道光間稿本，近人鄧邦述手書題記本影印。
道家類
《老子鬳齋口義》二卷，（宋）林希逸撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏元刊本，近人鄧邦述手書題記本影印。
《沖虛至德真經》八卷，（周）列禦寇撰，（晉）張湛注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏元刊本影印。
《周易參同契發揮》三卷《釋疑》一卷，（元）俞琰撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明鄭本立刊本，近人鄧邦述手書題記本影印。
《文始真經註》九卷，題（周）尹喜撰，（元）牛道淳注。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊本影印。
《黃帝陰符經講義》四卷，（宋）夏元鼎撰。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明鈔本，配補清四庫館臣鈔本影印。
天主教
《靈言蠡勺》二卷，（義大利）畢方濟口授，（明）徐光啟筆錄。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明刊《天學初函》本，清黃羲手跋本影印。
《口鐸日抄》六卷，（義大利）艾儒略，（立陶宛）盧安德口譯，（明）李九標筆記。據臺北“中央研究院历史语言研究所”藏明崇禎間刊清印本影印。
